Biofilme entstehen im Aquaponiksystem an allen Grenzflächen zum Wasser,also an Innenwänden und Böden der Fischbecken und Beete oder in Rohren und Schäuchen. Je nach örtlichen Bedingungen (z.B. Zugang zu Licht und Sauerstoff) siedeln sich verschiedene Mikroorganismen wie Bakterien, Protozoen oder Algen auf diese Weise an. Sie werden durch Menschen meist als "schlimschicht" wahrgenommen und beschrieben.

Ein Biofilm enthält außer den Mikroorganismen selbst vor allem Wasser. Die Bakterien scheiden Substanzen aus, die in Verbindung mit Wasser für die schleimige Konsistenz und Haftung des Films sorgen.

Für die Funktionsweise des Systems bedeutend sind vor allem die Biofilme unter der Oberfläche des Beetes auf dem Substrat. Hier herrschen mit Dunkelheit, Zugang zu Feuchtigkeit und Sauerstoff optimale Bedingungen für die nitrifizierenden Bakterien, die den Stickstoffkreislauf im System aufrecht erhalten.