Für die Hydrokultur ist eine effektive Bewässerung der Bepflanzung unersetzlich. Während in Zierpflanzen-Hydrokultur meist Übertöpfe mit regelmäßig nachzufüllender Nährlösung verwendet werden, sind in größeren Maßstäben und in Kreislaufsystemen wie der Aquaponik andere Bewässerungssysteme für die Bepflanzung notwendig
Die Auswahl eines oder mehrerer Bewässerungssysteme erfolgt je nach Bepflanzung, Platzangebot und anderen Kriterien. Die wichtigsten sind: